Gereja GIDI pertama kali dirintis oleh tiga orang dari Badan Misi UFM dan APCM yaitu Hans Veldhuis Fred Dawson Russel Bond. Setelah merintis pos di Senggi termasuk membuka lapangan terbang pertama Senggi (1951-1954) pada tanggal 20 Januari 1955 ketiga misionaris beserta 7 orang pemuda dari Senggi terbang dari Sentani tiba di Lembah Baliem di Hitigima menggunakan pesawat amphibi Sealander. Kemudian mereka melanjutkan misi dengan berjalan kaki dari Lembah Baliem ke arah Barat pegunungan Jayawijaya melalui dusun Piramid. Dari Piramid bertolak menyeberangi sungai Baliem dan menyusuri sungai Wodlo dan tiba di Ilugwa. Setelah mereka beristirahat lanjutkan perjalanan ke arah muara sungai Ka’liga (Hablifura) dan akhirnya tiba di danau Archbol pada tanggal 21 Februari 1955.
Di area danau Acrhbold disilah pertama kali mereka mendirikan Camp Injili dan meletakkan dasar teritorial penginjilan dengan dasar visi: menyaksikan Kasih Kristus Kepada segala Suku Nieuw Guinea didasarkan pada Kisah Para Rasul 1:8. Dalam tahun itu pula pada tanggal 25 Maret 1955 pesawat jenis JZ-PTB Piper Pacer berhasil mendarat di Danau Archbold. Mereka membuka lapangan terbang di Archbold sambil mengadakan survei pengembangan pelayanan di sekitar Bokondini dan Kelila. Nama danau Archbold diambil dari nama seorang ahli Zoologi dan dermawan yang mensponsori ekspedisi biologis untuk New Guinea di tahun 1907-1976 bernama Richard Archbold.

Pada bulan Maret 1955 Bert Power dan Ross Bertell tiba di Bokondini. Selain misi UFM Gesswein dan Widbin bersama Misi ABMS lainnya meninggalkan Camp Injili Archbol pada tanggal 28 April dan tiba di Bokondini pada tanggal 1 Mei 1955. Di Bokondini membuka lapangan terbang pertama tanggal 5 Juni 1965 dan Pilot Dave Steiger mendaratkan pesawat pertama kali di Bokondini. Sejak itulah secara resmi membuka Pos UFM dan APCM di Bokondini sebagai basis penginjilan di seluruh pegunungan tengah Papua.

Pada tanggal 5 Juni 1957 pesawat MAF pertama kali mendarat di Swart Valley sekarang disebut Karubaga Wilayah Toli. Lalu pada bulan Agustus 1958 tiga orang UFM : Ralph Maynard Bert Power dan Leon Dillinger berjalan kaki dari Karubaga menuju ke daerah Yamo membuka lapangan terbang di Mulia.

Setelah membuka pos-pos penginjilan sebagai hasil pertama dari Badan Misi UFM dan APCM melakukan pembaptisan pertama berjumah 9 orang di Kelila wilayah Bogo pada tanggal 29 Juli 1962. Inilah cikal bakal jemaat mula-mula dalam sejarah berdirinya Gereja Injili Di Indonesia. Dan baptisan yang kedua dilakukan pada tanggal 16 september 1962 di Bokondini dan disusul baptisan ketiga di Kanggime tanggal 27 Januari 1963. Sejak itu terjadi pembaptisan diman-mana suatu bukti Tuhan menunjukkan kasih yang besar kepada suku dan kaum bangsa Papua di wilayah besar pegunungan tengah Papua. Inilah awal permulaan dari kongregasional suatu pertumbuhan orang-orang percaya yang kemudian menjadi sebuah gereja lokal yang otonom independen dan demokrasi dengan sistem pemerintahan Kongregasional-Presbiaterian.

Visi kami
"UMAT GIDI MASUK SURGA"

Misi Kami
Gereja GIDI percaya bahwa Tuhan berkehendak agar setiap orang yang percaya dan menerima-Nya sebagai Tuhan dan Juruselamat pribadi akan masuk Sorga Inilah Misi Gereja GIDI ;

- MENGINJILI - MEMURIDKAN - MEMBABTIS - MENGUTUS